“天然不完美，完美非天然” 挑选水晶时当然是越通透越好，瑕疵越少越好，但近乎完美的实为少数，而且价格也不低。天然水晶难免会有矿缺、瑕疵、裂纹、棉絮、黑点等等，每颗都是独一无二你不可能找到另一个水晶有着一摸一样的裂痕或棉状，这是天然水晶的缺陷美，也是它和人造水晶最大的差别。
天然水晶常见的瑕疵有以下几种：
1.冰裂纹
水晶在形成过程中，由于生长环境的变化，比如地壳运动、地震等等，造成晶体内部形成裂纹。视觉上有花花的感觉，但是用手触摸晶体表面是没有裂纹感觉的。除非是水晶摔在地上或是与硬物撞击，正常佩戴的情况下，冰裂纹是不会继续生长裂开的。
2.棉絮或雾
钛晶，发晶，绿幽灵比较常见会有棉絮，看上去像雾蒙蒙的，特别对于钛晶金发晶来说棉絮或雾几乎是不可避免的，而且钛晶中的雾和棉絮以及黑色矿物质几乎是共生的。一般雾和棉絮随着佩戴时间越长，其程度会逐渐减轻，但要完全变通透是比较难做到。
3.矿缺
矿缺是水晶表面有一些坑洼或是裂纹状的缺陷，有的深，有的浅，有些在加工时珠体没有完全打磨圆滑，出现珠体表面平整地缺少一块的情况，这些缺陷当用手触摸时是能够明显感觉得到的。通常矿缺是很多天然水晶几乎不可避免的现象，比如绿幽灵、钛晶、发晶、虎眼石、拉长石、蓝晶石、木化石、砗磲、天铁、黄铁矿、太阳石、石榴石、碧玺等等。
所以，天然水晶有缺陷是正常的。也因为这些缺陷很普遍，几乎所有的水晶都有，所以无冰裂无棉絮无矿缺的水晶才那么珍贵，所以它们被称为“收藏级别”，因为很罕见，价值都是上千，甚至上万。